Тут на работе возникла задача с генерировать JavaDoc c поддержкой кириллицы. Средствами AndroidStudio проблему решить не удалось, возникали проблемы с кодировкой. На помощь пришёл Gradle =)

Достаточно добавить в build.gradle модуля приложения следующее:

android.applicationVariants.all { variant ->
    def name = variant.name.capitalize()
    task("generate${name}Javadoc", type: Javadoc, dependsOn: "assemble$name") {
        description "Generates Javadoc for $name."
        source = variant.javaCompile.source
        ext.androidJar = "${android.sdkDirectory}/platforms/${android.compileSdkVersion}/android.jar"
        classpath = files(variant.javaCompile.classpath.files) + files(ext.androidJar)

        options.links("http://docs.oracle.com/javase/7/docs/api/")
        options.linksOffline("http://d.android.com/reference","${android.sdkDirectory}/docs/reference")

        options.encoding("UTF-8")
        options.setLocale("ru")
        options.addStringOption('charset', 'UTF-8')
    }
}

Задачу нужно добавлять вне блока android

Если необходимо исключить какие то классы из документации (например классы support library и play services), тогда в блок task необходимо добавить: exclude 'android/*', 'com/*'